Pada awal bulan Januari tahun 1973 MAN 2 Sinjai Timur yang ada sekarang ini merupakan kelas jauh dari MAN Kajuara Kecamatan Kajuara Kabupaten Bone kemudian pada tahun 1974 berdasarkan Nota dari Bupati Sinjai, Drs.H.Andi Bintang,M yang diterima oleh H.Mudjtaba Daeng Matike (Alm) yang ketika itu menjabat sebagai Kepala Departemen Agama Kabupaten Sinjai, dan juga sebagai Ketua panitia pembangunan gedung MAN kelas jauh dari MAN Kajuara, yang berlokasi di Jalan Andi Mandasini No.2 Sinjai, mulai dibangun.

Pada tahun 1993 Madrasah Aliyah Negeri 2 Sinjai Timur, yang sebelumnya merupakan kelas jauh dari MAN Kajuara, beralih ke Kelas jauh MAN Tanete Kecamatan Bulukumpa Kabupaten Bulukumba, dengan pertimbangan untuk mempermudah diproses sekiranya suatu ketika Madrasah ini bisa berdiri sendiri, dan dalam hal ini Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPN-NYA) sama.

Ketika H.M.Idrus,BA sebagai Kepala Kantor Departemen Agama Kabupaten Sinjai, Beliau berupaya agar kiranya Madrasah Aliyah Negeri Sinjai yang merupakan kelas jauh dari MAN Tanete lepas dari induknya yaitu MAN Tanete Bulukumba. Hal ini ditindak lanjuti dengan mengirimkan surat kepada Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Sulawesi Selatan dengan Nomor : Mt.17/1-C/KS.01.1/1307/1993 yang disetujui oleh Bupati Sinjai, H.Muh.Roem, SH dan ditembuskan kepada Ketua DPRD Sinjai. Diantara klausul dari surat Kepala Kantor Departemen Agama Kabupaten Sinjai poin 5 (lima) ditegaskan bahwa segala persyaratan yang dibutuhkan termasuk lokasi tempat belajar yang digunakan sekarang disetujui di Jalan Andi Mandasini No.2 Kelurahan Balangnipa Kecamatan Sinjai Utara Kabupaten Sinjai.

Setelah melalui proses yang menelan waktu yang relatif singkat, pada tahun 1997 Madrasah Aliyah Negeri 2 Sinjai Timur resmi berdiri sendiri dengan diterbitkannya Surat Keputusan (SK) Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 107 tahun 1997 tanggal 17 Maret 1997 didalam Surat Keputusan (SK) Menteri Agama Tersebut di Negerikan dua Madrasah Aliyah yaitu dengan Nomor 41 Madrasah Aliyah Negeri Tante Filial Sinjai yang berlokasi di Jalan Andi Mandasini No.2 kelurahan Balangnipa Kecamatan Sinjai Utara Kabupaten Sinjai dan Nomor 42 Madrasah Aliyah Negeri Filial Sinjai, Kecamatan Sinjai Timur Kabupaten Sinjai.

Berdasarkan penetapan Kepala Kantor Departemen Agama Kabupaten Sinjai yang ketika itu dijabat oleh Drs.H.Mustafa (Alm) menunjuk Madrasah Aliyah Negeri yang beralamat di Jalan Andi Mandasini No.2 Kelurahan Balangnipa Kecamatan Sinjai Utara Kabupaten Sinjai ditunjuk sebagai MAN 2 Sinjai Kabupaten Sinjai. Dengan adanya Surat Keputusan (SK) dari menteri Agama Republik Indonesia tersebut diatas menegaskan bahwa keberadaan MAN 2 Sinjai telah mendapatkan Legalitas dari Departemen Agama Republik Indonesia yang sebelumnya hanya menjadi kelas jauh atau Filial dari Madrasah Aliyah Negeri Kajuara Kabupaten Bone dan Madrasah Aliyah Negeri Tanete Kabupaten Bulukumba.

Sampai sekarang telah dipimpin 5 orang kepala madrasah yaitu :